singuralityでAWS ECRのdocker imageを方法

AWSのプロファイルは設定済みとする。 環境変数を設定してpullするだけでできる。

set -x SINGULARITY_DOCKER_USERNAME AWS
set -x SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD (aws ecr get-login-password --region ap-northeast-1)
singularity pull docker://{MY_DOCKER_IMAGE}

これを行うと通常のsingularityのイメージのビルドが行えなくなるので、作業が終わったらSINGULARITY_DOCKER_USERNAMEを空に戻しておく必要がある。